医院成立于2008年6月2日，于2019年8月8日经市委机构编制委员会研究决定独立设置，为财政全额预算单位。目前，医院由东山院区和康复医院院区组成，其中东山院区位于银沙路与红山路十字30，占地6085平方米，建筑面积11068平方米，业务用房面积10628平方米。设置床位200张，医院设置24个临床医技科室、12个行政职能科室。现有干部职工394人，其中专业技术人员311人，副高以上25人，中级139人。
2020年4月1日，经市政府专题会议研究，决定按照"平战结合"原则和三级甲等传染专科医院规模标准立项建设市第三医院(市传染病医院)，并将该项目列入2020年全市重大社会事业项目，同时也是市政府向全市公开承诺要办好的十件民生实事之一，医院建设正在有序推进。
医院专科特色明显，其中结核病科、皮肤科、康复理疗科为重点专科；同时，设有健康管理(体检)中心、儿科、综合内科、综合外科、骨科、急诊科等多个临床科室；辅以医学影像科、检验科、超声科、病理科等医技科室，形成了一个较为合理的学科梯队。
为扩大医院服务功能，提高医疗诊治水平，医院不断引进先进的诊断治疗和检测设备，配备进口西门子64排螺旋CT、西门子可移动DR、美国GEDR、美国GE数字胃肠机、富士激光相机、西门子全自动生化分析仪、血液分析仪、飞利浦高端彩色B超机、肺功能测定仪、纯音听力计AD226、全自动酶免分析仪、腹部超声仪、心血管超声仪、电子气管镜和电子胃镜等多台大型医疗设备，能够满足各类诊疗需求。
在新的征程上，医院将坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，加快临床传染病医院建设，为降低我市传染病发病率和死亡率，实现健康中国战略目标，承担更多责任，做出更大贡献。
