菏泽市立医院始建于1946年，是一个有着光荣革命传统的医院。历经77年的发展，市立医院已成为我市集医疗、教学、科研、急救、预防、保健和技术指导于一体的综合性三级甲等医院，现为国家区域医疗中心建设单位、山东第一医科大学附属菏泽医院，担负着菏泽市七县四区一千万人民及邻近省、市部分群众的医疗保健任务。
医院占地160亩，建筑总面积12.83万平方米，现开放床位2185张。2022年完成门急诊服务121.2万人次，出院患者服务9.97万人次，手术(不含操作)4.79万台次，全院共有职工3676人，其中卫生技术人员总人数3271人，占医院职工总数的88.98%。博士研究生23人，硕士研究生993人。正高级职称198人，副高级职称688人，硕士生导师39人，住培指导医师303人，责任导师236人。
医院现设有40个临床科室，23个医技科室，35个职能科室，其中风湿免疫科、血液内科和临床护理为山东省临床重点专科(含建设单位)，血液内科为省医药卫生重点学科和省医疗质量示范科室，急性缺血性卒中介入再通专科为山东省精品特色专科，乳腺甲状腺外科和前列腺专科为市级临床精品特色专科，29个专业为市级临床重点专科。2021年国家绩效考核等级为B++，在参评综合医院中排名第310名。
郑州路脑科院区由市立医院神经内科、神经外科、神经重症、神经康复医学科等多个优势学科联合整迁组建，开设神经内、外科、卒中、综合内、外科等门诊，设有医学影像、检验、B超科等医技科室。设有病区11个，开放床位400张。与北京宣武医院、天坛医院等知名医院的专家团队合作，积极提升医院神经学科的诊治水平，成功打造了以脑科院区为中心的卒中"1小时黄金救治圈"，推进医院神经外科争创国家级重点专科，同时建立了省级水平的纤维解剖训练实验室。
西安路院区正在建设集门诊、急诊、病房于一体的29.8万平方米的综合楼，完工后医院建筑面积可达35万平方米，停车位达到1740个，患者的就诊和住院条件将得到极大改善。长江东路新院区于2020年底开工建设，总体规划建筑面积约35万平方米，分两期实施，其中项目一期规划用地面积约23.88万㎡(约358.26亩)，建筑面积约24.80万㎡，床位数1500张，停车位1800个。功能模块包括急诊楼、门诊楼、住院楼、医技楼、保障系统用房等。二期规划建筑面积约10万平方米，规划开放床位1500张，停车位1800个，项目按照三级甲等综合医院标准建设。
