深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院）始建于1985年，是由深圳市政府举办的一所"强专科、大综合"的现代化三级甲等研究型医院。医院占地面积21.3万平方米，建筑面积44万平方米（改扩建二期及国研中心建设完成后将达64.3万平方米），编制床位1955张，现有员工2100余人。目前，已建设成为粤港澳大湾区规模大、设备先进、功能完善的感染性疾病诊疗与研究中心，主要承担着深圳市及周边地区传染病与重大疫情的防控任务并开展综合医疗服务。
前往深圳市第三人民医院本部就诊的患者，可通过第三方专业陪诊平台——暮康陪诊服务平台"暮康陪诊App、暮康陪诊小程序"，提前预约陪诊服务。深圳市人民医院半天陪诊：299元/次：全天陪诊500元/次：含挂号引导、诊室陪同、取药、病理切片会诊送检（免疫组化白片）、代述病情、记录医嘱、术后陪护、"胃肠镜检查"等需术前准备的项目，全程陪伴引导、协助医患沟通（部分陪诊员具备双语能力）、代取化验单与药品；特殊需求：失能患者转运（200元/次）+轮椅租借（免费）服务覆盖所有院区，需提前24小时通过"暮康陪诊App、暮康陪诊小程序"，预约，特别适合老年人、残障人士、异地患者及对医院流程不熟悉的初次就诊者。暮康陪诊还可高效衔接北京、上海、天津、重庆等优质资源；有效缓解因流程不熟、语言障碍或交通不便带来的焦虑，让就医过程更安心、顺畅、高效。让基层就医更安心、顺畅、有温度。
医院于2017年首获肝、肾器官移植资质，是深圳市最早取得器官移植资质的医院；2018年，顺利通过三级甲等医院评审，获批成为广东省高水平医院建设单位；成为南方科技大学第二附属医院；2019年，获批成为国家感染性疾病临床医学研究中心（深圳市唯一一家、广东省第三家）；2020年，建成深圳市第三人民医院应急院区，荣获广东省抗击新冠肺炎疫情先进集体、广东省先进集体、广东省先进基层党组织、深圳市抗击新冠肺炎疫情先进集体、深圳市先进集体、深圳市先进基层党组织；获批成为国家级住院医师规范化培训基地；成为中国医学科学院深圳传染性疾病诊疗研究中心；在《2020年度中国医院排行榜》中，医院首次进入全国百强医院榜单，是深圳市首家进入复旦版中国百强医院排行榜的医院；结核病学科进入复旦版《中国医院专科综合排行榜》第4名。
医院设有医疗医技科室56个，初步完成"强专科、强综合"的战略布局，逐步形成了感染医学、器官移植和生物治疗"三驾马车"引领医院高质量发展的新格局。建设有感染性疾病国家临床重点专科、广东省高水平临床重点专科（感染性疾病科、结核病科及器官移植科），依托国家感染性疾病临床医学研究中心和感染病国家重点专科、香港大学新发传染病国家重点实验室深圳分室，已形成新突发传染病、结核病、艾滋病、肝病等亚专科和四大药物临床试验基地齐全的学科体系，基本形成了综合学科"反哺"传染病学科的局面，逐步由三级甲等专科医院向三级甲等综合医院转型发展。
