阜阳市第二人民医院是安徽省唯一三级甲等传染病专科医院，编制床位1800张，拥有江淮名医等高端人才1500余人。
医院以感染病诊治为特色，形成"心肝骨肺肾+重症感染"优势学科群，呼吸与危重症医学科、肝病科等7个学科为省级重点专科，7个学科承担硕士生培养任务。年服务门急诊50万人次，住院5万余人次，辐射皖西北及周边省份。投资20亿元的安徽省公共卫生临床中心（阜阳）项目即将投用，将建成区域性感染病救治中心及三大培训基地。
作为安徽省公共卫生临床中心（阜阳）、安徽医科大学临床学院等，医院承担医疗、教学、科研多重职能，检验科、影像科等7个学科为市级重点专科，获评国家PCCM认证单位等多项国家级资质。阜阳市第二人民医院作为安徽省唯一三甲传染病专科医院，医疗设备配置达国内先进水平，拥有3台超高端磁共振、6台多排CT、3台DSA及ECMO等尖端设备，配备全自动生化流水线、高敏PCR检测系统等检验平台。
诊疗技术方面，近三年开展200余项新技术，其中ECMO、TAVR、肝癌消融等填补阜阳市空白，乙肝治愈、人工肝等技术处于区域领先。科研领域获批省市级课题62项，发表SCI论文71篇。在公共卫生事件应对中，作为安徽省四大新冠重症救治基地，2020年成功治愈160例确诊病例，2022年收治3000余例疫情患者，实现全收治、全治愈目标，并多次支援省内外抗疫。
医院先后获全国三八红旗集体、安徽省抗疫先进集体等荣誉，现为皖西北地区集医疗、教学、科研于一体的区域性传染病防治中心。
