北京市通州区第三医院前身为通州区次渠卫生院。次渠卫生院是隶属于北京市通州区卫生局的全民所有制事业单位，是北京市人力资源和社会保障局认定的医保定点医院。次渠卫生院于1965年建院，1992年迁入现址，2006年在通州区台湖镇党委政府大力支持和帮助下,投资5000万进行医院改扩建工程， 2009年12月28日医院业务大楼正式落成，建筑风格简洁大气，内部布局合理，设施完备，每间病房内配备独立卫生间。
2010年1月2日正式对外开展服务。2010年4月为响应通州区政府新城建设拆迁工作，通州区老年病医院（区二级医院）整体搬迁至次渠，与通州区次渠卫生院整合成立"北京市通州区第三医院"。在"北京市通州区第三医院"机构编制申请期间，医院对外挂牌为"通州区第三医院"、"通州区老年病医院"、"通州区次渠卫生院（通州区次渠社区卫生服务中心）"，同时运行"通州区老年病医院"二级医疗机构和"通州区次渠卫生院（通州区次渠社区卫生服务中心）"一级医疗机构，下设"董村社区卫生服务站"。
北京市通州区老年病医院（二级专科医保定点医院，医保编码12155001）特色科室：泌尿外科、康复医疗科、糖尿病科、消化内科；特色技术：输尿管镜、经皮肾镜、腹腔镜、等离子电切镜、膀胱镜、体外碎石等微创技术、甲状腺疾病外科手术、无张力疝修补术、中西医结合骨伤骨病康复、慢病管理。同时，由于通州区老年病医院是北京市大病统筹、医疗保险二级专科医院，定点医院不是我院的在这里看病也可以报销。通州区次渠卫生院（医保编码12120012）服务内容：防、治、保、康、健、计六位一体的社区医疗卫生服务。
